dor_id: 1501140
506.#.#.a: Público
650.#.4.x: Biotecnología y Ciencias Agropecuarias
336.#.#.b: other
336.#.#.3: Registro de colección de proyectos
336.#.#.a: Registro de colección universitaria
351.#.#.b: Proyectos Universitarios PAPIIT (PAPIIT)
351.#.#.a: Colecciones Universitarias Digitales
harvesting_group: ColeccionesUniversitarias
270.1.#.p: Dirección General de Repositorios Universitarios. contacto@dgru.unam.mx
590.#.#.c: Otro
270.#.#.d: MX
270.1.#.d: México
590.#.#.b: Concentrador
883.#.#.u: https://datosabiertos.unam.mx/
883.#.#.a: Portal de Datos Abiertos UNAM, Colecciones Universitarias
590.#.#.a: Administración central
883.#.#.1: http://www.ccud.unam.mx/
883.#.#.q: Dirección General de Repositorios Universitarios
850.#.#.a: Universidad Nacional Autónoma de México
856.4.0.u: http://datosabiertos.unam.mx/DGAPA:PAPIIT:IN209312
100.1.#.a: Juan Enrique Morett Sánchez
524.#.#.a: Dirección de Desarrollo Académico, Dirección General de Asuntos del Personal Académico (DGAPA). "Desarrollo de metodologías robustas para el mapeo global de sitos de inicio de la transcripción en Escherichia coli y Geobacter sulfurreducens mediante secuenciación masiva de extremos 5´trifosfato de los mRNA", Proyectos Universitarios PAPIIT (PAPIIT). En "Portal de datos abiertos UNAM" (en línea), México, Universidad Nacional Autónoma de México.
720.#.#.a: Juan Enrique Morett Sánchez
245.1.0.a: Desarrollo de metodologías robustas para el mapeo global de sitos de inicio de la transcripción en Escherichia coli y Geobacter sulfurreducens mediante secuenciación masiva de extremos 5´trifosfato de los mRNA
502.#.#.c: Universidad Nacional Autónoma de México
561.1.#.a: Instituto de Biotecnología, UNAM
264.#.0.c: 2012
264.#.1.c: 2012
307.#.#.a: 2019-05-23 18:40:21.491
653.#.#.a: Regulación de la expresión genética; Bioquímica, biología molecular, genética y genómica
506.1.#.a: La titularidad de los derechos patrimoniales de este recurso digital pertenece a la Universidad Nacional Autónoma de México. Su uso se rige por una licencia Creative Commons BY 4.0 Internacional, https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode.es, fecha de asignación de la licencia 2012, para un uso diferente consultar al responsable jurídico del repositorio por medio de contacto@dgru.unam.mx
041.#.7.h: spa
500.#.#.a: La RNA polimerasa y algunos factores accesorios son requeridos para la iniciación, elongación y terminación de la transcripción. Para iniciar la RNAP se asocia al DNA en regiones adyacentes al gene, denominadas promotores. En bacterias existen diferentes tipos de promotores, reconocidos por factores sigma específicos; en E. coli se han identificado siete. El mapeo experimental del sitio de inicio de la transcripción (TSS) nos facilita identificar los promotores e inferir el tipo de factor sigma y nos ayuda a identificar otras regiones en el DNA responsables de la regulación de su expresión, como sitios de unión de proteínas reguladoras, o secuencias de RNA de control. Finalmente, el mapeo de los TSS provee información para determinar la organización física de los genes (operones). Por lo tanto, conocer los TSS es indispensable para entender la naturaleza del promotor, su regulación y organización._x000D_ Este proyecto tiene como objetivo desarrollar metodologías robustas para determinar experimentalmente la gran mayoría de los TSS mediante aislamiento selectivo de transcritos verdaderos (5´Trifosfatados; 5´T) en E. coli y G. sulfurreducens basadas en secuenciación con los equipos Illumina y Ion Torrent. Estos instrumentos generan millones de secuencias por corrida, de manera eficiente, rápida y económica. Propusimos que las metodologías de secuenciación masiva se podrían utilizar para la secuenciación de cDNA para determinar en pocas corridas la mayor parte de los TSS. Hemos desarrollado y comprobado la eficacia de la secuenciación masiva por pirosecuenciación en unos trabajos ya publicados. Con estos resultados hemos mapeado más de 1000 nuevos probables TSS en E. coli y demostrado la factibilidad de la metodología de secuenciación masiva para nuestros objetivos. Los métodos que hemos usado se basan en la eliminación selectiva de extremos 5´monofosfatados, que son productos de degradación del RNA. El primero mediante hidrólisis selectiva con una exonucleasa y la segunda por eliminación mediante ligación y remoción de un oligonucleótido biotinilado. Sin embargo, un gran número de productos de degradación permanecen y son confundidos con TSS. Ahora planteamos una estrategia alternativa basada en el aislamiento directo de los transcritos verdaderos 5´ trifosfatados y realizar las librerías con dichos transcritos utilizando la propiedad de la enzyma RppH de unirse específicamente a los mRNA 5´T. Lograr este objetivo nos permitirá conocer la gran mayoría de los transcritos en E. coli, mediante la generación de bibliotecas de cDNA de diversas condiciones de crecimiento para tener lo más completo posible los datos experimentales como un paso fundamental para que podamos entender globalmente la regulación en esta bacteria. El uso de cepas deletadas de seis de varios factores sigma de E. coli nos permitirá identificar con una alta precisión la naturaleza de cada promotor. Por último, mapearemos los inicios de transcripción en G. sulfurreducens, una bacteria muy interesante por su variedad de cadenas de transferencia de electrones y su posible utilización como generadora de electricidad y biorremediación de suelos y mantos acuíferos contaminados con metales pesados o radiactivos. Es importante destacar que contamos con recursos adicionales del NIH, USA (hasta jul. 2012, con posibilidad de renovar) y del CONACYT (hasta dic. 2012). Dada la magnitud del proyecto es necesaria la concurrencia de diversos fondos para alcanzar los objetivos propuestos._x000D_
046.#.#.j: 2019-11-14 12:26:40.706
264.#.1.b: Dirección General de Asuntos del Personal Académico
handle: 00a5bd1ca7d802a8
harvesting_date: 2019-11-14 12:26:40.706
856.#.0.q: text/html
last_modified: 2019-11-22 00:00:00
license_url: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode.es
license_type: by
Instituto de Biotecnología, UNAM, Portal de Datos Abiertos UNAM, Colecciones Universitarias
Dirección de Desarrollo Académico, Dirección General de Asuntos del Personal Académico (DGAPA). "Desarrollo de metodologías robustas para el mapeo global de sitos de inicio de la transcripción en Escherichia coli y Geobacter sulfurreducens mediante secuenciación masiva de extremos 5´trifosfato de los mRNA", Proyectos Universitarios PAPIIT (PAPIIT). En "Portal de datos abiertos UNAM" (en línea), México, Universidad Nacional Autónoma de México.
