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561.#.#.u: https://www.zaragoza.unam.mx/

650.#.4.x: Biología y Química

336.#.#.b: article

336.#.#.3: Artículo de Investigación

336.#.#.a: Artículo

351.#.#.6: http://tip.zaragoza.unam.mx/index.php/tip/index

351.#.#.b: TIP Revista especializada en Ciencias Químico-Biológicas

351.#.#.a: Artículos

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270.1.#.p: Revistas UNAM. Dirección General de Publicaciones y Fomento Editorial, UNAM en revistas@unam.mx

590.#.#.c: Open Journal Systems (OJS)

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270.1.#.d: México

590.#.#.b: Concentrador

883.#.#.u: http://www.revistas.unam.mx/front/

883.#.#.a: Revistas UNAM

590.#.#.a: Coordinación de Difusión Cultural, UNAM

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850.#.#.a: Universidad Nacional Autónoma de México

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100.1.#.a: Díaz Sánchez, Ángel Gabriel; Terrazas López, Manuel; Aguirre Reyes, Luis Guadalupe; Lobo Galo, Naú; Álvarez Parrilla, Emilio; Martínez Martínez, Alejandro

524.#.#.a: Díaz Sánchez, Ángel Gabriel, et al. (2019). Aspectos estructurales y funcionales de la N-Succinil-L, L-diaminopimelato desuccinilasa, una enzima clave para el crecimiento bacteriano y un blanco para el control antimicrobiano. TIP Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas; Vol. 22, 2019. Recuperado de https://repositorio.unam.mx/contenidos/4001621

245.1.0.a: Aspectos estructurales y funcionales de la N-Succinil-L, L-diaminopimelato desuccinilasa, una enzima clave para el crecimiento bacteriano y un blanco para el control antimicrobiano

502.#.#.c: Universidad Nacional Autónoma de México

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264.#.0.c: 2019

264.#.1.c: 2019-10-18

653.#.#.a: Estructura de proteínas; función de proteínas; enzimas; inhibición; dinámica conformacional; protein structure; protein function; enzymes; inhibition; conformational dynamics

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884.#.#.k: http://tip.zaragoza.unam.mx/index.php/tip/article/view/191

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041.#.7.h: spa

520.3.#.a: La N-Succinil-L, L-diaminopimelato desuccinilasa (DapE) es una amidohidrolasa dependiente de iones de zinc, homodimérica estricta, que cataliza la descomposición del N-succinil-L, L-2,6-diaminopimelato (NSDAP), en succinato y diaminopimelato (DAP). Reacción que constituye la única fuente de meso-diaminopimelato (mDAP) y L-Lys en la mayoría de las bacterias. DapE es esencial para el crecimiento bacteriano y un blanco farmacológico antimicrobiano. El desarrollo de los inhibidores anti-DapE debe tener en cuenta las propiedades dinámicas de la enzima. Se buscan compuestos que interfieran con la formación del agujero del oxianión, en donde participan grupos de ambas subunidades del dímero, que se acomoda en posición catalítica mediante el cambio conformacional de la enzima de un estado abierto a uno cerrado, después de la unión del sustrato; estabilizando a los intermediarios de reacción y produciendo un descenso en la energía de activación. Con base en el análisis cristalográfico y el acoplamiento del sustrato en DapE que se presenta en este trabajo, se discute el papel de la flexibilidad conformacional de la enzima en la hidrólisis del sustrato. Se observa que tanto el grupo carbonilo del sustrato es susceptible al ataque como una molécula de agua ubicada en el sitio activo y se encuentran cercanos a la trayectoria de ataque, en el ángulo de Bürgi-Dunitz. N-Succinyl-L, L-diaminopimelate desuccinylase (DapE) is a strictly dimeric zinc-dependent amidohydrolase, which catalyzes the decomposition of N-succinyl-L, L-2,6-diaminopimelate (NSDAP), into succinate and diaminopimelate (DAP). This reaction constitutes the only source of meso-diaminopimelate (mDAP) and L-Lys in most bacteria. DapE is essential for bacterial growth and a pharmacological antimicrobial target. The development of anti-DapE inhibitors must take into account the dynamic properties of the enzyme. There is a special interest in compounds that block the formation of the oxyanion hole, where is assembled with groups of both subunits of the dimer and accommodated in its catalytic position by the conformational change of the enzyme from an open to a closed state, upon productive substrate binding. The hole stabilizes reaction intermediaries, thus contributing to the decrease in the activation energy. Based on the crystallographic analysis and the coupling of the substrate into DapE presented in this work, the role of the conformational flexibility of the enzyme in substrate hydrolysis is discussed. It is observed that the susceptible carbonyl group of the substrate and a water molecule located in the active site are near to the trajectory of attack, the Bürgi-Dunitz angle.

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022.#.#.a: ISSN electrónico: 2395-8723; ISSN impreso: 1405-888X

310.#.#.a: Semestral

264.#.1.b: Facultad de Estudios Superiores Zaragoza, UNAM

758.#.#.1: http://tip.zaragoza.unam.mx/index.php/tip/index

doi: https://doi.org/10.22201/fesz.23958723e.2019.0.191

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245.1.0.b: Structural and functional features of a n-succinyl-l, l-diaminopimelate desuccinylase, acritical enzyme for bacterial growth and anantimicrobial target

last_modified: 2021-11-09 13:10:00

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Artículo

Aspectos estructurales y funcionales de la N-Succinil-L, L-diaminopimelato desuccinilasa, una enzima clave para el crecimiento bacteriano y un blanco para el control antimicrobiano

Díaz Sánchez, Ángel Gabriel; Terrazas López, Manuel; Aguirre Reyes, Luis Guadalupe; Lobo Galo, Naú; Álvarez Parrilla, Emilio; Martínez Martínez, Alejandro

Facultad de Estudios Superiores Zaragoza, UNAM, publicado en TIP Revista especializada en Ciencias Químico-Biológicas, y cosechado de Revistas UNAM

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Procedencia del contenido

Cita

Díaz Sánchez, Ángel Gabriel, et al. (2019). Aspectos estructurales y funcionales de la N-Succinil-L, L-diaminopimelato desuccinilasa, una enzima clave para el crecimiento bacteriano y un blanco para el control antimicrobiano. TIP Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas; Vol. 22, 2019. Recuperado de https://repositorio.unam.mx/contenidos/4001621

Descripción del recurso

Autor(es)
Díaz Sánchez, Ángel Gabriel; Terrazas López, Manuel; Aguirre Reyes, Luis Guadalupe; Lobo Galo, Naú; Álvarez Parrilla, Emilio; Martínez Martínez, Alejandro
Tipo
Artículo de Investigación
Área del conocimiento
Biología y Química
Título
Aspectos estructurales y funcionales de la N-Succinil-L, L-diaminopimelato desuccinilasa, una enzima clave para el crecimiento bacteriano y un blanco para el control antimicrobiano
Fecha
2019-10-18
Resumen
La N-Succinil-L, L-diaminopimelato desuccinilasa (DapE) es una amidohidrolasa dependiente de iones de zinc, homodimérica estricta, que cataliza la descomposición del N-succinil-L, L-2,6-diaminopimelato (NSDAP), en succinato y diaminopimelato (DAP). Reacción que constituye la única fuente de meso-diaminopimelato (mDAP) y L-Lys en la mayoría de las bacterias. DapE es esencial para el crecimiento bacteriano y un blanco farmacológico antimicrobiano. El desarrollo de los inhibidores anti-DapE debe tener en cuenta las propiedades dinámicas de la enzima. Se buscan compuestos que interfieran con la formación del agujero del oxianión, en donde participan grupos de ambas subunidades del dímero, que se acomoda en posición catalítica mediante el cambio conformacional de la enzima de un estado abierto a uno cerrado, después de la unión del sustrato; estabilizando a los intermediarios de reacción y produciendo un descenso en la energía de activación. Con base en el análisis cristalográfico y el acoplamiento del sustrato en DapE que se presenta en este trabajo, se discute el papel de la flexibilidad conformacional de la enzima en la hidrólisis del sustrato. Se observa que tanto el grupo carbonilo del sustrato es susceptible al ataque como una molécula de agua ubicada en el sitio activo y se encuentran cercanos a la trayectoria de ataque, en el ángulo de Bürgi-Dunitz. N-Succinyl-L, L-diaminopimelate desuccinylase (DapE) is a strictly dimeric zinc-dependent amidohydrolase, which catalyzes the decomposition of N-succinyl-L, L-2,6-diaminopimelate (NSDAP), into succinate and diaminopimelate (DAP). This reaction constitutes the only source of meso-diaminopimelate (mDAP) and L-Lys in most bacteria. DapE is essential for bacterial growth and a pharmacological antimicrobial target. The development of anti-DapE inhibitors must take into account the dynamic properties of the enzyme. There is a special interest in compounds that block the formation of the oxyanion hole, where is assembled with groups of both subunits of the dimer and accommodated in its catalytic position by the conformational change of the enzyme from an open to a closed state, upon productive substrate binding. The hole stabilizes reaction intermediaries, thus contributing to the decrease in the activation energy. Based on the crystallographic analysis and the coupling of the substrate into DapE presented in this work, the role of the conformational flexibility of the enzyme in substrate hydrolysis is discussed. It is observed that the susceptible carbonyl group of the substrate and a water molecule located in the active site are near to the trajectory of attack, the Bürgi-Dunitz angle.
Tema
Estructura de proteínas; función de proteínas; enzimas; inhibición; dinámica conformacional; protein structure; protein function; enzymes; inhibition; conformational dynamics
Idioma
spa
ISSN
ISSN electrónico: 2395-8723; ISSN impreso: 1405-888X

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