dor_id: 4001621
506.#.#.a: Público
590.#.#.d: Los artículos enviados a TIP Revista especializada en ciencias químico-biológicas se juzgan por medio de un proceso de revisión por pares
510.0.#.a: Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT), Sistema Regional de Información en Línea para Revistas Científicas de América Latina, el Caribe, España y Portugal (Latindex) Scientific Electronic Library Online (SciELO), La Red de Revistas Científicas de América Latina y el Caribe, España y Portugal (Redalyc), Directory of Open Access Journals (DOAJ), Web Of Science (WoS), EBSCO, Medigraphic, Indice de Revistas Latinoamericanas en Ciencias (Periódica)
561.#.#.u: https://www.zaragoza.unam.mx/
650.#.4.x: Biología y Química
336.#.#.b: article
336.#.#.3: Artículo de Investigación
336.#.#.a: Artículo
351.#.#.6: http://tip.zaragoza.unam.mx/index.php/tip/index
351.#.#.b: TIP Revista especializada en Ciencias Químico-Biológicas
351.#.#.a: Artículos
harvesting_group: RevistasUNAM
270.1.#.p: Revistas UNAM. Dirección General de Publicaciones y Fomento Editorial, UNAM en revistas@unam.mx
590.#.#.c: Open Journal Systems (OJS)
270.#.#.d: MX
270.1.#.d: México
590.#.#.b: Concentrador
883.#.#.u: http://www.revistas.unam.mx/front/
883.#.#.a: Revistas UNAM
590.#.#.a: Coordinación de Difusión Cultural, UNAM
883.#.#.1: https://www.publicaciones.unam.mx/
883.#.#.q: Dirección General de Publicaciones y Fomento Editorial, UNAM
850.#.#.a: Universidad Nacional Autónoma de México
856.4.0.u: http://tip.zaragoza.unam.mx/index.php/tip/article/view/191/194
100.1.#.a: Díaz Sánchez, Ángel Gabriel; Terrazas López, Manuel; Aguirre Reyes, Luis Guadalupe; Lobo Galo, Naú; Álvarez Parrilla, Emilio; Martínez Martínez, Alejandro
524.#.#.a: Díaz Sánchez, Ángel Gabriel, et al. (2019). Aspectos estructurales y funcionales de la N-Succinil-L, L-diaminopimelato desuccinilasa, una enzima clave para el crecimiento bacteriano y un blanco para el control antimicrobiano. TIP Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas; Vol. 22, 2019. Recuperado de https://repositorio.unam.mx/contenidos/4001621
245.1.0.a: Aspectos estructurales y funcionales de la N-Succinil-L, L-diaminopimelato desuccinilasa, una enzima clave para el crecimiento bacteriano y un blanco para el control antimicrobiano
502.#.#.c: Universidad Nacional Autónoma de México
561.1.#.a: Facultad de Estudios Superiores Zaragoza, UNAM
264.#.0.c: 2019
264.#.1.c: 2019-10-18
653.#.#.a: Estructura de proteínas; función de proteínas; enzimas; inhibición; dinámica conformacional; protein structure; protein function; enzymes; inhibition; conformational dynamics
506.1.#.a: La titularidad de los derechos patrimoniales de esta obra pertenece a las instituciones editoras. Su uso se rige por una licencia Creative Commons BY-NC-ND 4.0 Internacional, https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/legalcode.es, fecha de asignación de la licencia 2019-10-18, para un uso diferente consultar al responsable jurídico del repositorio por medio del correo electrónico revistatip@yahoo.com
884.#.#.k: http://tip.zaragoza.unam.mx/index.php/tip/article/view/191
001.#.#.#: oai:ojs.ojs.escire.net:article/191
041.#.7.h: spa
520.3.#.a: La N-Succinil-L, L-diaminopimelato desuccinilasa (DapE) es una amidohidrolasa dependiente de iones de zinc, homodimérica estricta, que cataliza la descomposición del N-succinil-L, L-2,6-diaminopimelato (NSDAP), en succinato y diaminopimelato (DAP). Reacción que constituye la única fuente de meso-diaminopimelato (mDAP) y L-Lys en la mayoría de las bacterias. DapE es esencial para el crecimiento bacteriano y un blanco farmacológico antimicrobiano. El desarrollo de los inhibidores anti-DapE debe tener en cuenta las propiedades dinámicas de la enzima. Se buscan compuestos que interfieran con la formación del agujero del oxianión, en donde participan grupos de ambas subunidades del dímero, que se acomoda en posición catalítica mediante el cambio conformacional de la enzima de un estado abierto a uno cerrado, después de la unión del sustrato; estabilizando a los intermediarios de reacción y produciendo un descenso en la energía de activación. Con base en el análisis cristalográfico y el acoplamiento del sustrato en DapE que se presenta en este trabajo, se discute el papel de la flexibilidad conformacional de la enzima en la hidrólisis del sustrato. Se observa que tanto el grupo carbonilo del sustrato es susceptible al ataque como una molécula de agua ubicada en el sitio activo y se encuentran cercanos a la trayectoria de ataque, en el ángulo de Bürgi-Dunitz. N-Succinyl-L, L-diaminopimelate desuccinylase (DapE) is a strictly dimeric zinc-dependent amidohydrolase, which catalyzes the decomposition of N-succinyl-L, L-2,6-diaminopimelate (NSDAP), into succinate and diaminopimelate (DAP). This reaction constitutes the only source of meso-diaminopimelate (mDAP) and L-Lys in most bacteria. DapE is essential for bacterial growth and a pharmacological antimicrobial target. The development of anti-DapE inhibitors must take into account the dynamic properties of the enzyme. There is a special interest in compounds that block the formation of the oxyanion hole, where is assembled with groups of both subunits of the dimer and accommodated in its catalytic position by the conformational change of the enzyme from an open to a closed state, upon productive substrate binding. The hole stabilizes reaction intermediaries, thus contributing to the decrease in the activation energy. Based on the crystallographic analysis and the coupling of the substrate into DapE presented in this work, the role of the conformational flexibility of the enzyme in substrate hydrolysis is discussed. It is observed that the susceptible carbonyl group of the substrate and a water molecule located in the active site are near to the trajectory of attack, the Bürgi-Dunitz angle.
773.1.#.t: TIP Revista Especializada en Ciencias Químico-Biológicas; Vol. 22 (2019)
773.1.#.o: http://tip.zaragoza.unam.mx/index.php/tip/index
046.#.#.j: 2021-10-20 00:00:00.000000
022.#.#.a: ISSN electrónico: 2395-8723; ISSN impreso: 1405-888X
310.#.#.a: Semestral
264.#.1.b: Facultad de Estudios Superiores Zaragoza, UNAM
758.#.#.1: http://tip.zaragoza.unam.mx/index.php/tip/index
doi: https://doi.org/10.22201/fesz.23958723e.2019.0.191
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856.#.0.q: application/pdf
245.1.0.b: Structural and functional features of a n-succinyl-l, l-diaminopimelate desuccinylase, acritical enzyme for bacterial growth and anantimicrobial target
last_modified: 2021-11-09 13:10:00
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