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506.#.#.a: Público

650.#.4.x: Biología y Química

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720.#.#.a: Jaime Mora Celis

245.1.0.a: Análisis global de la adaptación funcional de Rhizobium etli mediante sustitución sistemática de genes

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506.1.#.a: La titularidad de los derechos patrimoniales de este recurso digital pertenece a la Universidad Nacional Autónoma de México. Su uso se rige por una licencia Creative Commons BY 4.0 Internacional, https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode.es, fecha de asignación de la licencia 2010, para un uso diferente consultar al responsable jurídico del repositorio por medio de contacto@dgru.unam.mx

041.#.7.h: spa

500.#.#.a: En este proyecto se propone realizar una caracterización global de la adaptación funcional de Rhizobium etli (alfa proteobacteria, fijadora simbiótica de nitrógeno), mediante la mutación y sustitución sistemática de genes ortólogos. Utilizando la metodología de modificación genética llamada recombineering, con el análisis de las secuencias genómicas disponibles, y la capacidad adicional de realizar estudios de transcriptoma y proteoma, se pretende realizar una evaluación global de la mutación de genes cromosomales y el efecto de la adaptación funcional al comparar secuencias específicas de la especie que potencialmente responden a diversidad de nichos y diferentes capacidades metabólicas y simbióticas. _x000D_ _x000D_ Inicialmente, se implementará la estrategia de Red virus, que ya ha sido ensayada en varias especies bacterianas pero no en Rhizobiales. Por otra parte, se seleccionará un grupo importante de genes ortólogos comunes en varios genomas de Rhizobiales con sintenia conservada, para realizar la comparación genómica de cepas de distinta capacidad simbiótica de R. etli, CFN42 y CIAT652 y S. meliloti 1021, de las cuales se tiene la secuencia completa. Después se realizarán las mutaciones y sustituciones sistemáticas de genes cromosomales en la cepa de Rhizobium etli CFN42 y se caracterizará el efecto de las sustituciones mediante transcriptoma y proteoma, y en algunos casos con microarreglos fenotípicos (como el Biolog Phenotype microarray), lo que permitirá detectar diferencias en las tasas de asimilación de múltiples fuentes de carbono y nitrógeno, modificación de vías biosintéticas, así como respuesta a cambios osmóticos, de pH, iones, y sensibilidad a xenobióticos. El objetivo general de este proyecto es estudiar la adaptación funcional de los genes de Rhizobium etli CFN42 y sus secuencias específicas, al comparar y sustituir genes de organismos relacionados como R. etli CIAT652 (cepa de alta capacidad fijadora de nitrógeno y también simbionte de frijol) o Sinorhizobium meliloti 1021 (organismo modelo en el área, simbionte de alfalfa), mediante la implementación de la metodología de modificación genética sistematizada llamada recombineering._x000D_

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No entro en nada

No entro en nada 2

Registro de colección universitaria

Análisis global de la adaptación funcional de Rhizobium etli mediante sustitución sistemática de genes

Centro de Ciencias Genómicas, UNAM, Portal de Datos Abiertos UNAM, Colecciones Universitarias

Licencia de uso

Procedencia del contenido

Entidad o dependencia
Centro de Ciencias Genómicas, UNAM
Entidad o dependencia
Dirección General de Asuntos del Personal Académico
Acervo
Colecciones Universitarias Digitales
Repositorio
Contacto
Dirección General de Repositorios Universitarios. contacto@dgru.unam.mx

Cita

Dirección de Desarrollo Académico, Dirección General de Asuntos del Personal Académico (DGAPA). "Análisis global de la adaptación funcional de Rhizobium etli mediante sustitución sistemática de genes", Proyectos Universitarios PAPIIT (PAPIIT). En "Portal de datos abiertos UNAM" (en línea), México, Universidad Nacional Autónoma de México.

Descripción del recurso

Título
Análisis global de la adaptación funcional de Rhizobium etli mediante sustitución sistemática de genes
Colección
Proyectos Universitarios PAPIIT (PAPIIT)
Responsable
Jaime Mora Celis
Fecha
2010
Descripción
En este proyecto se propone realizar una caracterización global de la adaptación funcional de Rhizobium etli (alfa proteobacteria, fijadora simbiótica de nitrógeno), mediante la mutación y sustitución sistemática de genes ortólogos. Utilizando la metodología de modificación genética llamada recombineering, con el análisis de las secuencias genómicas disponibles, y la capacidad adicional de realizar estudios de transcriptoma y proteoma, se pretende realizar una evaluación global de la mutación de genes cromosomales y el efecto de la adaptación funcional al comparar secuencias específicas de la especie que potencialmente responden a diversidad de nichos y diferentes capacidades metabólicas y simbióticas. _x000D_ _x000D_ Inicialmente, se implementará la estrategia de Red virus, que ya ha sido ensayada en varias especies bacterianas pero no en Rhizobiales. Por otra parte, se seleccionará un grupo importante de genes ortólogos comunes en varios genomas de Rhizobiales con sintenia conservada, para realizar la comparación genómica de cepas de distinta capacidad simbiótica de R. etli, CFN42 y CIAT652 y S. meliloti 1021, de las cuales se tiene la secuencia completa. Después se realizarán las mutaciones y sustituciones sistemáticas de genes cromosomales en la cepa de Rhizobium etli CFN42 y se caracterizará el efecto de las sustituciones mediante transcriptoma y proteoma, y en algunos casos con microarreglos fenotípicos (como el Biolog Phenotype microarray), lo que permitirá detectar diferencias en las tasas de asimilación de múltiples fuentes de carbono y nitrógeno, modificación de vías biosintéticas, así como respuesta a cambios osmóticos, de pH, iones, y sensibilidad a xenobióticos. El objetivo general de este proyecto es estudiar la adaptación funcional de los genes de Rhizobium etli CFN42 y sus secuencias específicas, al comparar y sustituir genes de organismos relacionados como R. etli CIAT652 (cepa de alta capacidad fijadora de nitrógeno y también simbionte de frijol) o Sinorhizobium meliloti 1021 (organismo modelo en el área, simbionte de alfalfa), mediante la implementación de la metodología de modificación genética sistematizada llamada recombineering._x000D_
Tema
Fisiología bacteriana; Biotecnología y genómica
Identificador global
http://datosabiertos.unam.mx/DGAPA:PAPIIT:IN212710

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